Imec maakt DNA-analyse mogelijk in zes uur

©Bloomberg

Het Leuvense onderzoekscentrum Imec heeft software ontwikkeld die DNA-stalen in minder dan zes uur kan analyseren. Dat is acht tot zestien keer sneller dan tot nu gangbaar was.

Belangrijk is ook dat de nieuwe elPrep5-software kan worden gebruikt op klassieke servers en op basis van de bestaande standaarden die door ziekenhuizen, labo's en farmabedrijven worden gebruikt.

'Daardoor kunnen ziekenhuizen die over een klassieke server beschikken zelf de analyses uitvoeren en hoeven ze niet aan te kloppen bij gespecialiseerde labo's', zegt Imec-onderzoekster Charlotte Herzeel. De computerwetenschapster werkte een jaar aan het project. 'Je hebt geen supercomputer nodig.'

DNA-analyse bestaat summier uitgelegd uit twee delen. Eerst wordt een fysiek DNA-staal omgezet in een digitale reeks letters waaruit het DNA is opgebouwd. Daarna wordt gekeken of in die DNA-gegevens bijvoorbeeld genetische afwijkingen optreden. In het hele proces wordt de fysieke DNA-streng in stukjes geknipt en vermenigvuldigd. De digitalisering daarvan levert gigabytes aan data op waaruit de oorspronkelijke streng weer moet worden opgebouwd en pas dan volgt de controle op afwijkingen. Dat vergt gigantisch veel rekenkracht en de analyse van big data.

De Imec-software laat toe een volledig genoom in minder dan zes uur in plaats van de gebruikelijke twee dagen te analyseren.

De Imec-software gaat die stappen automatiseren - de software moet maar een keer door alle data om alle bewerkingen uit te voeren - waardoor het aan elkaar puzzelen van de losse stukjes gedigitaliseerd DNA en de controle op afwijkingen veel sneller gebeurt. Zo wordt het mogelijk een volledig genoom in minder dan zes uur in plaats van de gebruikelijke twee dagen uit te voeren.

Dierenfarma

Herzeel: 'Zo kan je veel efficiënter en goedkoper werken. Een dokter kan 's avonds een analyseberekening beginnen en de volgende dag de resultaten bespreken met zijn patiënt. Dankzij de snellere berekening dalen ook de kosten van de servers die een ziekenhuis eventueel huurt in de cloud en verliezen mensen minder tijd met het wachten op resultaten. Als je zeg maar 300 analyses tegelijk wil uitvoeren om de impact te meten van een nieuw medicijn is snelheid, efficiëntie en kostprijs belangrijk.'

Imec hoopt de nieuwe software nog deze maand op de markt te brengen. Wat de kostprijs is, kan Herzeel niet zeggen. Potentiële klanten zijn ziekenhuizen, labo's, wetenschappelijk onderzoek en farmabedrijven. 'Maar ook in de dierenfarma wordt veel DNA-onderzoek gedaan', zegt Herzeel.

Lees verder

Advertentie
Advertentie

Gesponsorde inhoud